Poco y muy alterado nos ha llegado de la cabecera original. Las capillas laterales, a las que se accede a través de arcos apuntados y que hoy están protegidas con unas rejas idénticas de mediados del s. XVIII, mostrando como única diferencia los escudos del remate.

La capilla del evangelio, que fue enterramiento de la familia de los Herrera, luce un retablo barroco de madera dorada en el que destaca un cuadro de la Virgen de la Faja o de Belén, obra realizada en 1764 en Roma por Francisco Javier Ramos por encargo del seminario.

La capilla de la epístola, que fue panteón de los Pacheco, está presidida por un retablo de madera marmoleada de la segunda mitad del s. XVIII en el que destaca, en una hornacina trilobulada, la imagen del Cristo de Oriente, talla de finales del s. XVI.

En el brazo norte del crucero, donde se ubica el coro viejo o de las viudas (obra de alrededor de 1500) destacan, albergados en retablos–marco barrocos, el Cristo de Juan de Remesal, talla de finales del s. XVI, y el sepulcro de Pedro Díaz, el obispo que resucitó, como queda reflejado en la mediocre pintura barroca que lo anima.

Por último, destaca el único sepulcro medieval que se ha conservado, en concreto de un prelado, cabe suponer que mirobrigense, pero cuya identificación aún nos es desconocida.

En el brazo meridional del crucero destaca el sepulcro renacentista de Pedro Fernández de Gata, esposo de Aldonza de Caraveo, realizado por encargo de su hijo, el canónigo Miguel Fernández de Caraveo, hacia 1568, quizás por Lucas Mitata. Destacan la estatua yacente del caballero, el relieve con la ciudad de Jerusalén al fondo dominado por un Crucificado, en origen flanqueado por la Virgen y San Juan.

A su lado el retablo, con marco barroco de San Miguel, dominado por un gran lienzo del arcángel, que fue restaurado a comienzos de 2005.

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