Esta iglesia es fruto de los tres momentos históricos de mayor esplendor de la ciudad. Al templo primitivo, levantado a fines del s. XII, corresponde el ábside y parte del muro norte, donde lucen una fila de pequeños arcos de medio punto y un alero de modillones. Esa cabecera, realizada en ladrillo, responde a la estética mudéjar.
También a esas fechas pertenece la puerta septentrional, formada por dos arcos de medio punto animados con rosetas de ocho pétalos inscritas en círculos y guarnecidos por una moldura con taqueado.
La iglesia de San Pedro y San Isidoro fue reconstruida en el s. XVI. La capilla mayor, cerrada por una espectacular bóveda estrellada, se levantó en 1546 a expensas de Francisco Vázquez, el Rico o el Indiano, como enterramiento familiar.
A la segunda mitad de esa misma centuria pertenece la renovación de la cabecera de la nave de la epístola, que, cerrada con una bóveda estrellada, se debió a los Maldonado y Rodríguez de Ledesma. La renacentista puerta meridional queda protegida por un sencillo pórtico de sillería realizado en 1783, quizás de Ventura Moiños. Su última restauración data de 1994.
Preside la capilla mayor el Cristo del Silencio, talla barroca que procesiona en la Semana Santa, con su cofradía creada en 1927. De la primera década del s. XVIII es el Crucificado del ábside del evangelio. En el campo pictórico destaca el cuadro de la Virgen de Guadalupe, firmado por el mejicano Juan Correa, que lo pintaría hacia 1700.
