Fruto de la primera campaña constructiva, las tres naves aparecen diferenciadas por pilares con semicolumnas en los frentes y pequeñas columnas en los codillos con capiteles historiados y vegetales.
Las bóvedas de las naves laterales, realizadas ya bien avanzado el s. XIII, son cupuliformes con despiezo anular de tipo angevino y quedan divididas, a partir de sus nervaturas, en ocho plementos; idénticas a las que ya en el s. XIV se utilizaron para cerrar el crucero y la nave lateral, si bien estas aparecen animadas con salmeres escultóricos y figuras monumentales, entre las que destacan las sitas en el primer tramo de la nave, desde la cabecera, que representan a un rey, una reina, un obispo y un mendicante, que la historiografía local identifica con Fernando II, doña Urraca, el primer obispo civitatense y San Francisco de Asís.
No pasan desapercibidas las bellas arquerías ciegas que, de arcos apuntados cobijados por otros polilobulados que descansan en columnas con capiteles florales, lucen en el hastial de poniente y en partes de los brazos del crucero, donde también destacan unos andenes sobre grandes y volados mensulones, que en el caso del lado de la epístola soportan pretiles de cuadrifolios calados
