El Seminario diocesano de San Cayetano fue construido entre 1764 y 1769 gracias al empeño y al mecenazgo del obispo don Cayetano Cuadrillero y Mota, obispo de Ciudad Rodrigo entre 1763 y 1777.

Las trazas fueron realizadas por Juan de Sagarbinaga, que ideó un edificio estructurado en torno a dos patios separados por una escalera imperial y comunicados por unos largos corredores cubiertos con bóvedas de arista a los que se abrían las aulas en la parte baja y las habitaciones y dependencias más importantes en la alta. Dos años más tarde, en una segunda etapa constructiva, se levantó una amplia crujía, utilizada en la planta baja para refectorio y cocina y en la alta para habitaciones

Además se edificó la iglesia, siguiendo nuevamente un proyecto de Sagarbinaga. En su origen dibujaba planta de una sola nave cubierta con bóveda de medio cañón con lunetos, con un crucero levemente marcado, cerrado con una cúpula sobre pechinas.

La actual fachada data de 1862 y forma parte de las obras efectuadas en este inmueble, a causa de los daños que sufrió durante la Guerra de la Independencia.

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