El Seminario diocesano de San Cayetano fue construido entre 1764 y 1769 gracias al empeño y al mecenazgo del obispo don Cayetano Cuadrillero y Mota.

Las trazas fueron realizadas por Juan de Sagarbinaga, que ideó un edificio estructurado en torno a dos patios separados por una escalera imperial.

La iglesia en su origen dibujaba planta de una sola nave cubierta con bóveda de medio cañón con lunetos, con un crucero levemente marcado, cerrado con una cúpula sobre pechinas.

La actual fachada data de 1862 y forma parte de las obras efectuadas en este inmueble, por los daños que sufrió en la Guerra de la Independencia.

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