Los muros perimetrales del coro catedralicio, en los que aún se conservan dos pequeñas pero bellísimas puertas coetáneas a su realización, rematan en una engalanada y calada crestería gótica.
El acceso queda cerrado por una monumental reja forjada en 1699 por Gregorio Rodríguez y Francisco de Gamboa.
La sillería coral, restaurada a inicios de 2006, fue contratada en 1498 por Rodrigo Alemán y finalizada durante el obispado de Valeriano Ordóñez de Villaquirán (1502-1507), cuyo escudo aparece, con el de los Reyes Católicos, en la escalerilla del lado de la epístola.
Rodrigo Alemán y sus colaboradores labraron 72 sillas colocadas en dos órdenes; disponiéndose sólo en el respaldo de la episcopal una monumental figura de San Pedro y en su misericordia la lucha entre Sansón y el león.
Las sillas altas, que se cubren con bóvedas estrelladas, pináculos y cresterías caladas, lucen en sus respaldos una profusa decoración a base de arquillos, motivos vegetales, zoomórficos y animales fantásticos y mitológicos de gran significado iconográfico.
En las sillas bajas el adorno se reduce a unos sencillos arquillos en la parte superior del respaldo. Y será en las misericordias donde la imaginación de Rodrigo Alemán alcanzó cotas difícilmente superables poniendo de manifiesto su amplio conocimiento de fuentes religiosas y profanas.
El órgano pequeño o realejo, dispuesto en el lado del evangelio, fue realizado en 1727 por Pedro Liborno Echevarría.
El mueble del grande, situado en el lado contrario desde finales del s. XVIII, se debe a Manuel de Larra Churriguera, que lo diseñó en torno a 1730. Ambos han sido restaurados hace unos años.
En las costaneras de los muros perimetrales del coro se rasgaron, a mediados del s. XVIII, dos pequeñas capillas que albergan dos retablos de madera dorada, quizás de Miguel Martínez.
Por su parte, el trascoro es obra de Ramón Pasqual Díez, que lo realizó en estuco imitando mármoles en 1787.
Un año después Alfonso Giraldo Bergaz tallaba la Inmaculada que preside la hornacina central.
